18 Eylül 2008 Perşembe

Kuş şarkısı biz insanları her zaman büyülemiştir. Doğanın bu usta müzisyenleri geçtiğimiz yüzyılda artık sadece aşk acısı çeken romantiklerin değil bilimadamlarının da dikkatini çekmeye başladı. Bu bilimadamları çoğunlukla ılıman iklimlerde yaşadığı için ve bu iklimlerdeki kuş türlerinin çoğunda sadece erkekler şarkı söylediği için yakın zamana kadar kuş şarkısının evrimsel işlevi hakkındaki genel kanı şarkının iki işlevi olduğu yönündeydi: erkeklerin kendilerine eş bulmak için bir nevi seranat yapması ve kendi bölgelerini koruması.

Son yıllarda ise tropikal iklimlerdeki ötücü kuşların daha çok çalışılması sonucu bu görüş değişmeye başlıyor yavaşta olsa. Burada bahsedeceğim çalışma da bu konudaki en son örneklerden biri.

Tropiklerde bir çok kuş türünde hem erkek hem de dişi şarkı söyler, yani düet yaparlar. Bu düetin işlevi hakkında gırla varsayım varsa da bugüne kadar bu varsayımları birbirinden ayırt etmek çok mümkün olmuyordu, netekim düetçi kuşların çoğu görüş mesafesinin çok düşük olduğu yağmur ormanlarında yaşamakta, dolayısıyla kuşları gözlemlemek zor (zaten varsayımlardan biri de kuşların bu yüzden düet yaptıkları).

Kanada'daki Windsor Üniversitesi'nden Dan Mennill ve Cornell Üniversitesi'nden Sandra Vehrencamp'in Current Biology dergisinde yayınlanan son çalışmasında araştırmacılar bu sorunu farklı yerlere yerleştirilmiş 8 tane mikrofonla çözmüşler. Devamlı kayıt yapan sekiz tane mikrofonla ses çıkaran bir hayvanın yerini sesin değişik mikrofonlara ulaşması arasındaki zaman farkını kullanarak bulabilirsiniz (tabi yeterince zamanınız ve bilgisayarınız varsa).

Mennill ve Vehrencamp ilkin 19 tane çifti hiç rahatsız etmeden dinlemişler. Sonuçlar gösteriyor ki kuşlar düetlerin yarısından çoğunu birbirlerine on metreden daha yakın yapsalarda bazen birbirlerinden 100 metreden fazla uzaktayken de düet yapabiliyorlar. Daha da ilginci düetler ortalamada kuşların birbirlerine yaklaşmasıyla sonuçlanıyor, ve genelde düeti başlatan kuş daha çok yaklaşıyor öbürüne. Yani düetler gerçekten çiftlerin birbirilerinin yerlerini bulmasına yarıyor olabilir. Fakat yine de düetlerin çoğunluğu birbirlerinin yakınındayken yapılıyor. Bu da düetlerin çiftin arasındaki bağı kuvvetlendirmeye yarabileceği ya da daha başka bir koordinasyon işlevi olabileceğini düşündürüyor.

İkinci deneyde araştırmacılar kuşların düetleri bölgelerini savunmada da kullandıklarını gösteriyorlar. Bu deneyde kuşlara iki hoperlörden başka bir çiftin düetini çalan araştırmacılar kuşların düet sıklığının oldukça arttığını ve de genel olarak dişilerin dişi şarkısı çalan hoperlöre, erkeklerinse erkek şarkısı çalan hoperlöre yaklaştıklarını buluyorlar. Bu da akla bir çok işlev getiriyor, örneğin araştırmacılar hem erkeklerin hem de dişilerin eşlerini kaybetmemek için kendi cinsinden olan kuşa daha fazla tepki gösterdiklerini düşünüyorlar.

Sonuç olarak düet yapan kuşlar bizim kuş şarkısına bakışımızı ve genel olarak bu kuşlarda çiftler arasındaki koordinasyonla ilgili fikirlerimizi değiştireceğe benziyor.

Mennill DJ and Vehrencamp SL (2008) Context-dependent functions of avian duets revealed through microphone array recordings and multi-speaker playback. Current Biology 18:1314-1319.

26 Ağustos 2008 Salı

Burdur'da dev Marcus Aurelius heykeli

Burdur'un Ağlasun ilçesinde bulunan Sagalassos antik şehrinden bir haber: Belçika'dan Prof. Marc Waelkens'in yürüttüğü kazıda bir Roma hamamının içinde Roma'nın "5 iyi imparator"unun sonuncusu Marcus Aurelius'un dev bir heykeli bulunmuş (heykelin ayağı 80 cm uzunluğunda). Kazıyı yürüten ekip heykelin bu imparatorlar dönemine dair bir seriye ait olduğunu düşünüyor -- daha önce de Hadrian'ın yine gerçek yaşamdakinden büyük bir heykelini bulmuşlar. Buluntunun önemi heykelin büyük ölçüde zarar görmemiş olması -- Sagalassos kazısının genel anlamda önemi de şehrin çok az yağma görmüş olması deniyor. Konuyla ilgili haberi ve Prof. Waelkens'le bir röportajı okumak için burdan buyurun. Kazının web sayfası da burada (İngilizce). (Heykelin başının fotoğrafı BBC'den.)

12 Ağustos 2008 Salı

Nasil bilim haberciliği yapılmaz

Dün gazetelerde Yeditepe Üniversitesi'nde yapılan bir araştırma ile ilgili bir haber yayınlandı. Habere göre Genetik ve Biyomühedislik Bölümü'nden araştırmacılar "tıpta devrim yaratacak" bir "buluş"a imza atmışlar. Haberden anlaşılana göre 20 yaş dişinin gelişiminde rol alan diş folikülü* hücrelerinden elde edilen kök hücrelerin yeniden programlanarak embriyonik kök hücre elde edilmesi söz konusu.

Haber önce Mütevelli Heyeti Başkanı Bedrettin Dalan'ın açıklamalarıyla başlıyor. Ben hayatımda hiç bir üniversitenin mütevelli heyeti başkanının o üniversitedeki araştırmayı duyurmak için basın açıklaması yaptığını duymadım. Sanırım bunda biraz "mal sahibi" mantalitesi var. Dalan'ın yapılan iş konusunda biraz fikri olduğu ama anlayışının çok basit bir düzeyde kaldığı belli. Ama olabilir böyle şeyler, esas meselem o değil.

Efenim sonra sazı sayın bölüm başkanı Prof. Dr. Fikrettin Şahin alıyor. Hoca efendi acaba araştırmayı bizzat yürüten öğretim üyesi mi yoksa sadece bölüm başkanı olduğu için mi konusuyor bilemiyoruz -- haberin hiç bir yerinde bu söylenmiyor. Prof. Dr. Şahin'in web sayfasına göre kendisi bitki patojeni olan mikroorganizmalara karşı bütünleşik mücadele yöntemleri üzerine çalışıyor, o yüzden araştırmayı kendi yapmış olması pek olası değil. Araştırmayı bizzat yapan kimseden (ki bu kimse öğretim üyesi değil, muhtemelen bir doktora ya da master öğrencisi) hiç bir şekilde bahsedilmiyor. Onun yerine sahneyi mütevelli heyeti başkanı ve bölüm başkanı paylaşmışlar gözüküyor. Bölüm sayfasına bakınca kök hücrelerini doğrudan araştırma alanları arasında listeleyen iki genç (ve kadın) öğretim üyesi var, onların ismi haberin hiç bir yerinde anılmıyor. Belki de gerçekten bu araştırmada parmakları yoktu, ama gazeteciler kimsenin ismini vermediği için bu soru akıllarına geldi mi gelmedi mi bilmiyoruz bile.

Neyse efendim geçelim bu "credit" meselesini. Yapılan işin kendisine gelelim. Efenim yukarıda belirttiğim gibi sanırım olay 20 yaş dişinden elde edilen kök hücrelerin yeniden programlarak embriyonik kök hücre haline getirilmesi. Sanırım diyorum, çünkü ne Dalan'ın (ki kendisi bu yüzden suçlanamaz) ne de Prof. Dr. Şahin'in açıklamalarından pek bir şey anlaşılmıyor. Prof. Dr. Şahin'in açıklamaları biraz daha anlamlı, ama akılda yine o kadar çok soru kalıyor ki hiç bir şey söylemese de çok farketmeyecek. Diyor ki Prof. Dr. Şahin "dental folikül hücreleri [dental yerine diş dese olmaz çünkü] doğumdan sonra doku üreten tek kök hücre türü. Şimdi: kök hücre ne demek, doku üretmek ne demek, bunlar neden önemli? Neden bu bizi ilgilendirmeli? Bu soruların yanıtları ne Prof. Dr. Şahin'in beyanatında var ne de gazeteci arkadaş bu konuda bir açıklama vermiş. Neyse ki Türkçe Vikipedi'de bu konuda biraz bilgi var, o yüzden ben de girmeyeceğim bu konulara. Zaten esas mesele de bu değil. Aynı eleştiri plazmiler, virüs vektörleri (vektörleri fizik konusu mu sanırdınız?) vesaire gibi yazının sağına soluna serpilmiş bir çok terim ve kavram ile ilgili de yapılabilir. Prof. Dr. Şahin bu kelimeleri öylesine atıyor ortaya, ama ne teknik açıdan yeterli detay içeren bilgi verdiği ne de adam gibi temel düzeyde açıklama yaptığı için hiç bir şey söylememiş oluyor. Biyoloji okuyalı uzun zaman olmuş (ya da hiç okumamış) nüfusumuzun büyük çoğunluğu için bu laflar muhtemelen aşağı yukarı "hobo hobo hobo" anlamına geliyordur. Sebep de bu insanların cahil ya da aptal olması değil, anlatanın anlatamaması. Bu bahsedilen şeyleri 7 yaşındaki ilkokul öğrencisine bile anlatmak mümkün, ama bu öyle yarı türkçe yarı ingilizce-latince terimleri arka arkaya sıralayarak olmaz. Ben biyolog olmama rağmen baya düşünmek ve biraz araştırma yapmak zorunda kaldım bu açıklamanın ne anlama geldiğini. O zaman bile bir çok varsayım ve açıklanmamış nokta kalıyor. Mesela viral vektörler yerine plazmid kullanınca neden kanser riski azalıyor, bu konuda hiç bir şey söylenmemiş ki araştırmanın en önemli noktası bu gibi. Daha temel olarak, viral vektörler ya da plazmidler neden lazım, o bile söylenmemiş. (Cevap: Kök hücreyi yeniden programlayıp embriyonik kök hücre haline getirmek için içine birkaç tane yeni gen koymak gerekiyor, ondan bu yöntemler kullanılıyor, ama bundan yazının hiç bir yerinde bahsedilmiyor.)

Tabi burda esas sorumluluk gazetecilerin, zira onların işi insanlara anlaşılır ve doğru haber vermek. Ama bu haberde içerikle ilgili tek yaptıkları Dalan ve Prof. Dr. Şahin'in sözlerini olduğu gibi aktarmak. Haberin hazırlanması sırasında hiç bağımsız araştırma yapılmadığı çok bariz.

Son ve en önemli olan nokta da bütün bu yaygaraya karşı bu araştırmanın bilimsel açıdan gerçek önemini bilmiyoruz, bilemeyiz de. Bunun da yukarıdaki araştırmanın ne olduğunu adam gibi anlatamama sorunundan daha ciddi bir sebebi var: bahsi geçen araştırma henüz hiç bir hakemli dergide yayınlamamış. Yayınlanmak üzere hazırlanıp bir dergiye gönderilmiş mi ondan bile hiç bir ses yok. Sadece patent başvurusu yapıldığı söyleniyor. Hakemli dergide yayınlanmak neden önemli? Çünkü aramızda çok az insan kök hücre konusunda uzman, hatta bunların da ancak bir kısmı dişten elde edilen kök hücrelere özelleşmiş. Benim bu konudaki bilgim genel biyoloji eğitimimden, arada okuduğum haberler ve dinlediğim konuşmalardan (ve bu haber üzerine yaptığım ufak bir araştırmadan) geliyor. Ama bu grubun bahsettikleri yöntemin yeniliği, güvenilirliği, deneysel yöntemlerinin kalitesi ve potansiyeli hakkında yargı vermeye yetkin değilim. O yüzden bana anlatılan bu hikayeye güvenemem, her ne kadar Yeditepe Üniversite'sine güvenim sonsuz olsa da -- insanların kendilerini kandırmaları bile o kadar basitken... Halbuki bu araştırma önce bir hakemli dergiye gönderilse, orada değerlendirilse, bu alanda yetkinlik sahibi olan uzmanlar bu araştırmada yapılan işin kalitesi ve ileri sürülen sonuçların ve yorumların doğruluğunu kontrol etmiş olacaktı. Bu kontrol sırasında eğer araştırmanın eksiği varsa bunların kapatılması istenecek ve muhtemelen araştırmacılar tarafından bu eksiklikler kapatılacak, yanlışlar düzeltilecek ve araştırma sonuçları hem daha güçlü hem de daha güvenilir olacaktı. Bizim açımızdan en önemli kısmı da, ileri sürülen iddiaların bağımsız uzmanlar tarafından da onaylandığını bilecek, güvenimiz artacaktı. Burda mesele araştırmanın ileride bir gün hakemli dergide yayınlanıp yayınlanmaması değil (muhtemelen yayınlanacaktır), haberin ve bu tantananın araştırma yayınlanmadan, bu aşamalardan geçmeden ortaya çıkmış olması.

Bütün bunları yazmamım sebebi Yeditepe Üniversite'sindeki Genetik ve Biyomühendislik bölümüne güvensizlik duymam, şarlatanlık yaptıklarını düşünüyor olmam değil. Aksine, bölümün web sayfasındaki bilgilere bakılırsa genç, dinamik ve üretken bir bölüm. Zaten eleştirilerimin hemen hepsi esas gazetecilere (gerçi yayın çıkmadan basın toplantısı düzenlemek muhtemelen bölüm ya da üniversite yönetiminin işgüzarlığıdır -- öğrenci çekmek için mi diye düşünüyor insan). Ama bilimadamları olarak yaptığımız işi halka anlatırken doğru şeyleri yapmalıyız. Yoksa ya ciddiye alınmayız, ya da tam tersine insanlar bu bilim denen şeyin anlamadıkları bir hokus pokus meselesi olduğunu düşünürler. Haberi yapan gazetecilerin öyle düşündüğü belli...

* Diş folikülü, gelişmekte olan dişi çevreleyen torba benzeri bir doku.

8 Ağustos 2008 Cuma

Evrime karikaturde de yer yok

Emre Ulaş'ın Avea için çizdiği reklam karikatürünü Zaman gazetesi "editleyerek" yayınlamış. Karikatürde -muhtemelen biyoloji- dersi anlatan öğretmen üzerinde bir maymun bir de insan resmi bulunan bir panoya işaret edip soruyor: "İnsanoğlu iki ayağı üzerinde ne zaman yürümeye başlamıştır?" Hınzır çoçuklardan biri de "Avea'ya geçince anca doğrulttuk belimizi," cinsinden bir yanıt veriyor.

Sahnenin zaten Türkiye için biraz olağandışı olmasını bırakın (biyoloji öğretmenlerinin evrime bakışı için şu haberi okuyabilirsiniz), Zaman gazetesinde bu reklamı yayınlama kararı verenlerin bir maymunla insanın aynı panoda gösterilmesine tahammülsüzlüğü düşündürücü. Hani evrimi kabul etmeyebilirsiniz ama bir karikatürde geçmesine dahi dayanamıyorsanız bir sorun var demektir. Reklamların bu şekilde "rötuşlanması" geçenlerde yine -Milli Gazete'de- gündeme gelmişti, o olay hakkında Politik Hayvan'ın yazısını şurdan okuyabilirsiniz.

Konuyla ilgili haber için şu linke buyrun.

30 Temmuz 2008 Çarşamba

Alkolik akrabalarımız!

Bu hafta PNAS'de çıkan bir makale kronik alkol tüketiminin insanlara mahsus olmadığını gösteriyor. Almanya'daki Bayreuth Üniversitesi'nden Frank Wiens ve arkadaşlarının araştırmasına göre Malezya'nın batısındaki yağmur ormanlarında yetişen bir palmiye türünün (Eugeissona tristis) çiçekleri, ortalama yüzde 0.6 oranında alkol içeren nektar üretmekte. Bu nektarı içen de çiçekleri geceleri ziyaret eden birkaç memeli türü. Bu "akşamcı" türler arasında primatlardan sonra en yakın akrabalarımızdan ağaç sivrifareleri takımının iki türü de var. Wiens ve meslektaşlarının hesaplarına göre bu türlerden kalem kuyruklu ağaç sivrifaresi (Ptilocercus lowii) ortalama üç gecede bir sarhoş geziyormuş. Bu ufak hayvanlar alkolü boylarından beklenmeyecek kadar iyi kaldırıyorlar anlaşılan: araştırma sırasında kimse bu hayvanların yalpaladığını ya da herhangi bir sarhoşluk belirtisi gösterdiğini görmemiş. Belli ki "öpüjcem abisii!" davranışı evrimin sonraki bir aşamasında ortaya çıkmış!

Konumuza geri dönersek: nektardaki alkol oranının yüksek olmasının nedeni özel çiçek tomurcuklarında yaşayan bir maya türü. Bu tomurcuklar tıpkı bira yapılan fermentasyon odaları gibi görev görüyor (zaten yazarlar da çiçeklerin bira imalathanesi gibi koktuğunu söylüyorlar). Nektarın neden bu kadar çok alkol içerdiği ise henüz kesin değil: bir olasılık nektardaki uçucu alkolün, çiçeklerin tozlaşlaşmasını sağlayan bu memeli türlerini doğru zamanda çiçeklere çekmeyi kolaylaştırıyor olması. Bu durumda alkol bu tozlaşma mutualizminin işlemesini sağlayan bir sinyal molekülü olarak kabul edilebilir. Başka bir olasılık da alkolün nektarı istenmeyen tüketicilere karşı koruyor olması.

Son olarak: bu kadar alkol kullanmalarının sonucunda bu zavallı hayvanlar nasıl oluyor da siroz olmuyorlar? Bu sorunun cevabı metabolizmalarında gizli görünüyor: bu palmiyenin nektarından beslenen hayvanların kürklerinde çok yüksek miktarda etil glukuronit -- alkolü bertaraf eden metabolik yollardan birinin son ürünü -- bulunmuş. Etil glukuronit'i bertaraf eden metabolik yol insanlarda pek önemli değil, ama bu küçük memelilerde çok daha aktif olma olasılığı var.

Bu uzak akrabalarımız bizden daha iyi içici olmak için evrilmiş gözüküyorlar!

Notlar:
PNAS: Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA; Amerikan Bilimler Akademisinin dergisidir. Bütün bilim dallarından makaleler yayınlar ve dünyanın en prestijli bilimsel dergilerinden biridir.
Resim kaynağı: Londra Zooloji Cemiyeti -- Wikimedia Commons üzerinden (bağlantı)

25 Temmuz 2008 Cuma

Günümüzde evrim

NYTimes'da Olivia Judson son kırk yılda gözlemlenen evrimsel değişikliklerdan bazılarını anlatıyor. Örneğin, Princeton'dan ünlü evrimciler Peter ve Rosemary Grant'in 1970'lerden beri dokümente ettiği Galapagos Adaları'ndaki Darwin ispinozlarının gaga büyüklüklerindeki değişimler: büyük gagalı kuşlar büyük tohumları (ve küçük gagalılar küçük tohumları) açabildikleri için her sene değişik büyüklüklerdeki tohumların çokluğu bir sonraki seneki popülasyonun ortalama gaga büyüklüğünü etkiliyor [1]. İşin güzel yanı, Grant'ler ve çalışma arkadaşları, gaga büyüklüğünü kontrol eden genetik ve gelişimsel mekanizmaları da ortaya çıkarmaya başladılar [2].

Diğer bir ilginç örnek de 36 sene önce Hırvatistan'daki Pod Kopište adasındaki popülasyondan alınıp Pod Mrčaru adında başka bir adaya konulan 5 çift duvar kertenkelesinin (Podarcis sicula) başlattığı deneysel popülasyon [3]. Mrčaru adasındaki kertenkeleler Kopište'deki akrabalarına göre çok daha fazla bitki yemeye başlamışlar (diyetlerindeki bitki miktarı hacmen %4-7 civarından %34-61'e çıkmış) ve aynı zamanda önemli morfolojik değişimler geçirmişler. Değişimlerin bir kısmı niceliksel: Mrčaru kertenkelelerin kafaları daha geniş, uzun ve yüksek ve ısırma kuvvetleri daha fazla. Bunun sebebi, yedikleri bitkilerin aşağı yukarı yarısının yaprak ve dal gibi yüksek selüloz içeren bitki kısımları olması. Ama daha ilginci, bu kertenkeleler geldikleri popülasyonda hiç olmayan bir karakter de sergiliyorlar: midelerinde yiyecek geçişini yavaşlatan ve mide bakterilerinin fermentasyon yapıp selülozu sindirmesini kolaylaştıran valfler ortaya çıkıyor (aynı zamanda sindirim sistemindeki bakteri florası da büyük bir değişimden geçmiş). Bu tür valfler başka otobur kertenkelelerde görülse de P. sicula'da daha önce görülmüş değil, hatta bu türün dahil olduğu Lacertid kertenkelelerinde çok nadir rastlanan bir karakter. Böylece sadece 36 senede evrim ata popülasyonda bulunmayan bir karakteri değişik bir seçilim baskısına maruz kalan yeni popülasyonda ortaya çıkarabiliyor. Bu aynı zamanda yakınsayan evrimin de bir örneği kabul edilebilir. Tabi bütün hikaye bitmiş değil; bazı sorular hala yanıt bekliyor. En bariz sorular hangi genlerin bu değişimlere yol açtığını bulmak, ve fenotipik değişkenlik bu değişimlerde bir rol oynuyor mu oynamıyor mu ona bakmak (yumurtadan yeni çıkmış yavrularda bile bu valflerin bulunuyor olması fenotipik değişkenliği biraz daha az olası yapıyor bana kalırsa).

Neyse efendim, Judson'ın yazısına geri dönersek: bahsettiği örneklerin hepsi doğal seçilim yoluyla mikroevrim üzerine; dolayısıyla yaratılışçıların tepkisini öngörmek pek zor değil. Ancak bu örneklerin (ve daha tonlarca var böyle örnekler) hepsinde ortak nokta evrim teorisinin bu değişimleri açıklamanın ve anlamanın tek yolu olması. Bu örnekler ve diğerleri, Judson'ın sözleri ile "evrimin hiçbir zaman tatile çıkmadığının" kanıtı. Bir dahaki sefere birisi sizi çalıntı (ve yanlış tanımlanmış) fosil fotoğraflarıyla evrimin gerçekleşmediğine ikna etmeye çalışırsa, Güney Adriyatik'e bir yolculuk yapmasını önerebilirsiniz.

Referanslar:
[1] Grant, P. R. and Grant, B. R. 2002. “Unpredictable evolution in a 30-year study of Darwin’s finches.” Science 296: 707-711(okumak için bağlantı -- abonelik gerekebilir)
[2] Arhat Abzhanov, Meredith Protas, B. Rosemary Grant, Peter R. Grant, and Clifford J. Tabin "Bmp4 and Morphological Variation of Beaks in Darwin's Finches" Science 305: 1462-1465. (bağlantı -- abonelik gerekebilir)
[3] Herrel, A. et al 2008. “Rapid large-scale evolutionary divergence in morphology and performance associated with exploitation of a different dietary resource.” Proceedings of the National Academy of Sciences USA 105: 4792-4795. (bağlantı -- abonelik gerekebilir)
Podarcis sicula fotoğrafı Hans Hillewaert'a ait

30 Nisan 2008 Çarşamba

Ingilizleri buyulemek

Haber şu:

http://www.radikal.com.tr/haber.php?haberno=253826

Ben kendine saygi duyan bir gazete yoneticisi olsam (mesela o "Yasam Servisi"nin sefi) uykularim kacar bu haberi yayinlarken: adam senin ulkene gelmis kocaman bir sayfalik hikaye hazirlamis, roportajlar, fotograflar; sense sadece adamin haberinin haberini yapiyorsun. Cok mu zor iki muhabire boyle bir haber hazirlatmak? Hic olmamasindan daha iyi elbet boyle haberlerin, ama ulkemde "gazetecilik"in gazete okumak, "kaliteli gazetecilik"in de yabanci gazete okumaktan ibaret olmasi cok uzucu....